芝士含有丰富的营养价值，例如脂肪、蛋白质、糖分等，且含有较多的矿物质，例如钾、磷、钙等。所以如果只是偶尔吃多了芝士，一般不会对机体产生较大的危害，反而可以帮助机体补充一些营养。但如果长期大量食用芝士，可能会对机体带来一些不利影响。
首先芝士热量较高，如果长期大量食用，容易使体重增加，甚至发胖。其次芝士的脂肪与蛋白质含量较高，如果胃肠虚弱的人群长期大量食用，容易加重胃肠道负担，引起消化不良，出现腹胀、腹痛等表现。有些芝士中含有较多乳糖、半乳糖或葡萄糖，部分人群长期大量食用后不注意及时清洁口腔，容易增加患龋齿的风险，过多的糖摄入也会转化为脂肪，增加肥胖风险。
除此之外，部分人群会芝士过敏，在不知晓自己对芝士过敏的情况下，吃多了芝士可能会发生相对严重的过敏反应，表现为皮肤起疹子、腹痛、腹泻等，导致机体不适。